Indemnités journalières auto-entrepreneur : combien touchez-vous vraiment ?
Depuis 2020, l'auto-entrepreneur exerçant une activité commerciale ou artisanale bénéficie d'indemnités journalières en cas d'arrêt maladie, versées par l'Assurance Maladie. La bonne nouvelle s'arrête souvent là : ces IJ se calculent sur votre revenu, c'est-à-dire sur votre chiffre d'affaires après abattement forfaitaire, et non sur le CA brut ni sur votre marge réelle. Pour beaucoup, le résultat oscille entre 15 et 50 € par jour — et tombe à zéro en dessous d'un seuil de revenu.
Autrement dit, le régime micro protège sur le principe mais très peu sur le montant. Comprendre la mécanique de calcul permet d'anticiper ce que vous percevrez réellement et de décider en connaissance de cause s'il faut souscrire une couverture complémentaire.
Comment sont calculées les IJ de l'auto-entrepreneur
L'indemnité journalière vaut 1/730e du revenu d'activité annuel moyen, calculé sur la moyenne des trois dernières années civiles. Le point décisif est la définition du revenu : ce n'est pas votre chiffre d'affaires, mais le CA après l'abattement forfaitaire propre à votre activité. Or cet abattement est élevé, ce qui écrase mécaniquement la base de calcul.
| Activité | Abattement | CA annuel moyen | Revenu retenu | IJ/jour |
|---|---|---|---|---|
| Prestation de services (BNC) | 34 % | 30 000 € | 19 800 € | 27,12 € |
| Prestation de services (BIC) | 50 % | 30 000 € | 15 000 € | 20,55 € |
| Achat-revente (BIC) | 71 % | 40 000 € | 11 600 € | 15,89 € |
| Conseil (BNC) | 34 % | 60 000 € | 39 600 € | 54,25 € |
La logique saute aux yeux : une activité d'achat-revente, avec 71 % d'abattement, génère une IJ dérisoire même à 40 000 € de CA. Le plafond, lui, est fixé à 65,83 € par jour en 2026, atteint uniquement lorsque le revenu annuel moyen touche le plafond de la Sécurité sociale (48 060 €) — un cas rare en micro-entreprise.
Le seuil de revenu en dessous duquel vous ne touchez rien
C'est le piège le plus méconnu : sous un revenu annuel moyen d'environ 4 700 € en 2026 (10 % de la moyenne des plafonds de la Sécurité sociale), l'auto-entrepreneur ne perçoit aucune indemnité journalière maladie. Traduit en chiffre d'affaires, ce plancher correspond à des seuils très différents selon l'activité.
Attention
Pour ouvrir des droits aux IJ, il faut déclarer au minimum, en revenu après abattement, l'équivalent de : environ 7 100 € de CA en profession libérale (BNC, abattement 34 %), 9 400 € de CA en prestations de services BIC (abattement 50 %), ou 16 200 € de CA en achat-revente (abattement 71 %). Un début d'activité ou une année creuse peut donc vous priver totalement d'indemnisation.
Conditions, carence et durée d'indemnisation
Trois conditions cumulatives ouvrent le droit aux IJ maladie de l'auto-entrepreneur.
- Être affilié depuis au moins 12 mois.
L'ancienneté d'affiliation au régime des indépendants est vérifiée à la date de l'arrêt. Un auto-entrepreneur récent n'a donc pas encore de droits ouverts.
- Être à jour de ses cotisations.
Les cotisations sociales, réglées à l'Urssaf sur le CA déclaré, doivent être acquittées. Un CA déclaré à zéro ne génère aucun droit.
- Respecter le délai de carence.
Les IJ ne sont versées qu'à partir du 4e jour d'arrêt : les 3 premiers jours restent à votre charge, comme pour tout indépendant.
L'indemnisation est ensuite versée pendant 360 jours au maximum sur une période de 3 ans, portée à 3 ans continus en cas d'affection de longue durée. Les modalités officielles sont consultables sur ameli.fr.
Cas particuliers : professions libérales et maternité
Deux situations méritent une attention spéciale. Les auto-entrepreneurs exerçant une profession libérale relevant de la Cipav ne dépendent pas du même régime : depuis le 1er juillet 2021, ils perçoivent des IJ versées par la CPAM pendant les 90 premiers jours d'arrêt, calculées elles aussi sur le revenu après abattement.
Côté maternité, l'auto-entrepreneure a droit à une indemnité journalière forfaitaire de repos (environ 65 € par jour en 2026) et à une allocation forfaitaire de repos maternel d'un montant équivalent au plafond mensuel de la Sécurité sociale, versée en deux fois — à condition, là encore, de dépasser le seuil minimal de revenu. En dessous, ces prestations sont réduites à 10 % de leur montant.
Bon à savoir
Contrairement au travailleur non salarié classique, l'auto-entrepreneur ne peut pas déduire ses cotisations de prévoyance en loi Madelin : l'abattement forfaitaire du régime micro est réputé couvrir toutes ses charges. La prévoyance complémentaire se paie donc sur le revenu net d'impôt.
Compléter des IJ dérisoires avec une prévoyance individuelle
Face à des indemnités souvent insuffisantes pour couvrir un loyer ou une échéance de crédit, la solution est une prévoyance individuelle. Un contrat dédié verse une IJ forfaitaire, choisie à la souscription (par exemple 40, 60 ou 80 € par jour), qui s'ajoute à celle du régime obligatoire. Comptez 25 à 70 € par mois selon l'âge, l'activité et le niveau de garantie.
Les avantages
- Montant d'IJ choisi d'avance, indépendant du CA déclaré
- Franchises courtes possibles (3 ou 15 jours en cas d'accident)
- Extension à l'invalidité et au décès pour protéger les proches
Les limites
- Cotisations non déductibles en régime micro
- Questionnaire de santé pouvant entraîner des exclusions
- Indemnisation parfois plafonnée à la perte de revenu réelle
Avant de signer, passez chaque proposition au crible : deux contrats affichant la même IJ peuvent indemniser du simple au double selon leurs clauses.
- IJ forfaitaire, versée sans justification de perte de revenu au sinistre
- Franchise réduite en cas d'accident ou d'hospitalisation, plus longue en maladie pour baisser la cotisation
- Affections dorsales et psychiques couvertes sans condition d'hospitalisation
- Barème d'invalidité professionnel, indemnisation dès 15 ou 16 %
- Revalorisation annuelle des prestations et garanties maintenues jusqu'à 67 ans
Le bon réflexe : additionner votre revenu net et vos charges fixes professionnelles, retrancher l'IJ estimée du régime obligatoire, et souscrire l'écart. C'est ce calcul, et non le prix affiché du contrat, qui protège vraiment votre trésorerie en cas d'arrêt prolongé.