Subrogation de salaire en arrêt maladie : définition et principe
La subrogation est le mécanisme par lequel l'employeur encaisse directement les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) dues à un salarié en arrêt de travail, parce qu'il lui maintient tout ou partie de son salaire pendant cette période. Le fondement juridique est l'article R323-11 du Code de la sécurité sociale : l'employeur est « subrogé » dans les droits du salarié vis-à-vis de la caisse primaire d'assurance maladie (CPAM).
Sans subrogation, le salarié perçoit deux versements distincts : les IJSS de la CPAM, au rythme des paiements de la caisse (tous les 14 jours en moyenne), et le complément de l'employeur sur la paie. Avec la subrogation, il ne reçoit qu'un seul versement, son salaire habituel, à la date habituelle. C'est l'employeur qui supporte le décalage de trésorerie et attend le remboursement de la caisse.
À retenir
La subrogation n'est possible que si le salaire maintenu est au moins égal au montant des IJSS, et uniquement pendant la période de maintien. Si le maintien est inférieur aux indemnités, la CPAM verse obligatoirement les IJ au salarié.
Quand la subrogation s'impose-t-elle à l'employeur ?
Trois situations se distinguent. Maintien intégral du salaire : la subrogation est de plein droit, l'employeur n'a même pas besoin de l'accord du salarié. Maintien partiel au moins égal aux IJ : la subrogation est possible pour la fraction correspondante, et la plupart des conventions collectives la prévoient expressément. Maintien inférieur aux IJ ou absence de maintien : la subrogation est exclue, la caisse paie le salarié directement.
Le maintien de salaire lui-même découle de la loi de mensualisation, codifiée à l'article L1226-1 du Code du travail : à partir d'un an d'ancienneté, l'employeur complète les IJSS à hauteur de 90 % du salaire brut, puis de 66,66 %, pour des durées qui augmentent avec l'ancienneté. Les conventions collectives font souvent mieux : maintien à 100 %, suppression du délai de carence de 7 jours, durées allongées.
| Ancienneté | Durée à 90 % du brut | Durée à 66,66 % du brut |
|---|---|---|
| 1 à 5 ans | 30 jours | 30 jours |
| 6 à 10 ans | 40 jours | 40 jours |
| 11 à 15 ans | 50 jours | 50 jours |
| 16 à 20 ans | 60 jours | 60 jours |
| 21 à 25 ans | 70 jours | 70 jours |
| 26 à 30 ans | 80 jours | 80 jours |
| 31 ans et plus | 90 jours | 90 jours |
La subrogation suit exactement ce calendrier : elle cesse quand le maintien cesse. Si l'arrêt se prolonge au-delà, la CPAM reprend le versement des IJ directement au salarié.
Mettre en place la subrogation : démarches et mentions obligatoires
Tout passe aujourd'hui par la déclaration sociale nominative (DSN). La procédure tient en quatre étapes.
- Signaler l'arrêt de travail.
L'employeur transmet le signalement d'événement « arrêt de travail » en DSN dans les 5 jours suivant la connaissance de l'arrêt. Ce signalement vaut attestation de salaire, pièce qui déclenche le calcul des IJSS.
- Demander la subrogation.
Dans le signalement, l'employeur coche la demande de subrogation et indique la période exacte (date de début, date de fin prévisionnelle correspondant au droit à maintien) ainsi que les coordonnées bancaires de l'entreprise.
- Maintenir le salaire en paie.
Le bulletin du salarié affiche le salaire maintenu ; les IJSS y figurent en général en deux lignes (déduction des IJ brutes, réintégration des IJ nettes) pour un traitement social et fiscal correct.
- Suivre les remboursements.
La CPAM verse les IJ à l'employeur sous 9 à 14 jours en moyenne en 2026. Le relevé BPIJ (bordereau de paiement des indemnités journalières) permet de pointer chaque paiement et de détecter les rejets.
Attention
Une date de fin de subrogation mal renseignée est la première cause d'indus. Si l'employeur perçoit des IJ au-delà de la période de maintien, la caisse les récupère et le salarié peut subir un double prélèvement. Prolongez la subrogation par un nouveau signalement plutôt que de déclarer une période trop large.
Ce que change la subrogation, côté salarié et côté employeur
Les avantages
- Salaire lissé : aucun trou de trésorerie entre la paie et les versements CPAM
- Un seul interlocuteur pour le salarié : le service paie
- Bulletin de paie continu, utile pour un crédit ou un dossier locatif
- Traitement automatique de la CSG-CRDS sur les IJ (6,7 %) par l'employeur
- Articulation simplifiée avec la prévoyance collective, souvent versée au même circuit
Les limites
- Avance de trésorerie à la charge de l'entreprise
- Gestion des indus si la caisse refuse ou révise les IJ
- Suivi administratif rigoureux des dates et prolongations
- Impossible quand le maintien est inférieur aux IJ
Montants en jeu : IJSS, complément employeur et prélèvements
L'IJSS maladie représente 50 % du salaire journalier de base, calculé sur la moyenne des salaires bruts des 3 mois précédant l'arrêt (divisée par 91,25). Depuis la réforme d'avril 2025, le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 fois le SMIC : l'indemnité maximale s'établit autour de 42 € par jour en 2026. Les IJ sont soumises à la CSG (6,2 %) et à la CRDS (0,5 %), et imposables pour un arrêt maladie non professionnel.
Le chiffre
42 €C'est l'indemnité journalière maladie maximale versée par la Sécurité sociale en 2026. Pour un cadre à 4 000 € brut, les IJ ne couvrent qu'environ 30 % de la rémunération : le complément employeur et la prévoyance font toute la différence, et la subrogation permet de percevoir l'ensemble en un seul versement.
Concrètement, pour un salarié à 2 800 € brut par mois avec maintien à 90 % : l'employeur verse environ 2 520 € brut sur la paie, puis récupère près de 1 380 € d'IJSS auprès de la CPAM pour un mois complet d'arrêt. Le reste constitue son effort réel de maintien, éventuellement remboursé par le contrat de prévoyance collective de l'entreprise. Le détail des règles de calcul est publié sur ameli.fr, espace entreprise.
Cas particuliers : temps partiel thérapeutique, fin de contrat, refus d'IJ
Temps partiel thérapeutique : la subrogation fonctionne à l'identique, l'employeur paie le salaire correspondant au temps travaillé, maintient le complément et encaisse les IJ versées au titre du mi-temps. Fin de contrat pendant l'arrêt : la subrogation cesse à la date de sortie ; la CPAM verse ensuite les IJ directement à l'ancien salarié. Refus d'indemnisation (envoi tardif de l'arrêt, prescription hors délai, contre-visite négative) : l'employeur qui a avancé le salaire peut récupérer sur la paie l'équivalent des IJ non versées, dans la limite des règles de retenue sur salaire.
Dernier point souvent ignoré : la subrogation vaut aussi pour les arrêts en accident du travail et maladie professionnelle, où les IJ sont plus élevées (60 % du salaire journalier les 28 premiers jours, 80 % ensuite) et versées sans délai de carence. L'intérêt du dispositif y est donc encore plus net pour le salarié.